На Ausf.E повністю нова ходова частина, що включала шість здвоєних гумових опорних катків на борт та торсіонну підвіску. У підвісках першого та шостого опорних катків амортизатори. Змінилися підтримуючі катки та лінивець. Танк із двигуном Maybach HL 120TR потужністю 300 л. с. та десятишвидкісною коробкою передач Variorex SRG 328-145. Курсовий кулемет у новій кульовій установці Kugelblende 30. Механік-водій отримав комбінований (оглядова щілина з триплексом і перископ) прилад спостереження Fahrersehklappe 30. Кришки бортових люків баштових стали двостулковими. У нижніх бортових листах корпусу між верхньою гілкою гусениць та опорними котками з'явилися евакуаційні люки. Дещо видозмінилися люки моторного відділення. Інші вузли та агрегати танка, включаючи озброєння, змін не зазнали. У 1940-1941 році частина машин модифікації E була переозброєна 50-мм гарматами KwK 38. В ході війни деяку кількість Pz.III Ausf.E переобладнали в машини передових артилерійських спостерігачів та БРЕМ.
